Τεράστια είναι η συμβολή του τμήματος σκάκι στην ιστορία του Παναθηναϊκού από το 1948 μέχρι και το 1996 χαρίζοντας αμέτρητες διακρίσεις και τίτλους για την ομάδα. Επιπλέον οι σκακιστές του «τριφυλλιού» πέτυχαν μοναδικά κατορθώματα στο βάθος των χρόνων ακόμα και απέναντι σε παγκόσμιους πρωταθλητές. Πρόκειται για ένα τμήμα που είχε τη δική του λέσχη και γνώρισε μεγάλες πιένες!
Πρωτεργάτης για τη δημιουργία του τμήματος σκάκι του «τριφυλλιού» ήταν ο Ναστάτος ενώ το 1960 οι Αναστασόπουλος, Τρικαλιώτης και Γρηγορίου έθεσαν γερά θεμέλια στην ομάδα.
Το πρώτο πρωτάθλημα σε συλλογικό επίπεδο ήρθε το 1964 (και το πιο πρόσφατο ήταν το 1976) ενώ σε ατομικό επίπεδο οι διακρίσεις είχαν ξεκινήσει από το 1960. Αξιοσημείωτη είναι η ισοπαλία που πήρε ο σκακιστής του Παναθηναϊκού Γ.Τρικαλιώτης από έναν από τους κορυφαίους σκακιστές του κόσμου τον Μπόμπι Φίσερ το 1968. Επιπλέον ο ίδιος σκακιστής είχε νικήσει τον κορυφαίο ανατολικογερμανό «μετρ» Φουξ.
Την σεζόν 1968-69 ο Ν.Καζιλάρης συμμετείχε στο παγκόσμιο φοιτητικό πρωτάθλημα κατακτώντας την 20η θέση.
Οι «πράσινοι» σκακιστές είχαν αρκετές συμμετοχές σε σκακιστικές ολυμπιάδες με καλύτερη την 31η θέση που κατέκτησαν οι Βυζαντιάδης, Τρικαλιώτης, Παπαποστόλου και Καζιλάρης το 1970.
Μάλιστα στη συγκεκριμένη διοργάνωση ο τελευταίος αναδείχτηκε ισόπαλος με τον πρώην παγκόσμιο πρωταθλητή Βασίλι Σμισλόφ.
Από το 1970 ως και το 1972 ο Παναθηναϊκός συμμετείχε στο κύπελλο Πρωταθλητριών ομάδων Ευρώπης. Ενδιάμεσα το 1971 οι Βυζαντιάδης, Αναστασόπουλος και Τρικαλιώτης πήραν την 4η θέση στους Βαλκανικούς αγώνες.
Από το 1976 μέχρι το 1987 δεν υπήρχαν πολλές επιτυχίες, ωστόσο αξιοσημείωτο είναι το γεγονός ότι ξεκίνησε την καριέρα του με το «τριφύλλι» στην καρδιά ένας από τους κορυφαίους έλληνες σκακιστές, ο Βασίλης Κοτρωνιάς.
Ήταν ο πρώτος έλληνας που κέρδισε πρώην παγκόσμιο πρωταθλητή σκάκι , τον Ανατόλι Κάρποβ! Παράλληλα ο Κοτρωνιάς έχει κερδίσει δύο φορές τον παγκόσμιο πρωταθλητή Βεσελίν Τοπάλοβ ενώ το 1982 αναδείχτηκε πρώτος στους βαλκανικούς αγώνες Νέων στο ατομικό.
Πρωταθλητές Ελλάδας αναδείχτηκαν μέσα στα χρόνια οι Αναστασόπουλος, Κόκκωρης, Παϊδούσης, Βυζαντιάδης, Γρηγορίου και Κοτρωνιάς.
Από το 1988 μέχρι το 1996 το τμήμα περιήλθε σε πτώση και υπήρχε στα χαρτιά χωρίς ωστόσο να υπάρχει ενεργή δράση.
Κορυφαία χρονιά για το τμήμα θεωρείται το 1973 όπου η ομάδα κατέκτησε πρωτάθλημα , κύπελλο και το διασυλλογικό κύπελλο «ΟΧΙ».
Το «πράσινο» top 13 στο σκάκι
1)Βασίλης Κοτρωνιάς
Χρυσός βαλκανιονίκης Νέων
2) Τάσος Αναστασόπουλος
Τρία πρωταθλήματα
3)Χρήστος Κόκκορης
Τρία πρωταθλήματα
4)Λάζαρος Βυζαντιάδης
Δύο πρωταθλήματα
5)Αριστείδης Παϊδούσης
Ένα πρωτάθλημα
6) Μίλτος Γρηγορίου
Ένα πρωτάθλημα
7) Δ. Παπαποστόλου
Ένα πρωτάθλημα
8) Γιώργος Τρικαλιωτης
Ισόπαλος με παγκόσμιο πρωταθλητή Φίσερ, 4ος βαλκανικούς και μια δεύτερη θέση στο πανελλήνιο
9)Νίκος Καζιλάρης
Ισόπαλος με παγκόσμιο πρωταθλητή βασιλι σμυσλοβ, Δεύτερη θέση στο πανελλήνιο
10)Ρωμύλος Χριστόπουλος
Δεύτερη θέση στο πανελλήνιο
11)Γεωργίου
Δύο φορές συμμετοχή σε πρωταθλήτρια ομάδα
12) Δημοσθένης Πετροβίκης
Μια φορά συμμετοχή σε πρωταθλήτρια ομάδα
13)Αναγνωστόπουλος
Μια φορά συμμετοχή σε πρωταθλήτρια ομάδα