Ο Παναθηναϊκός έχει γράψει τη δική του ιστορία και στο αγώνισμα των 1000 μέτρων που πλέον υπάρχει κυρίως σε επίπεδο ακαδημιών.
Το τμήμα στίβου του «τριφυλλιού» έχει αφήσει τη στάμπα του και στο 1000άρι και το Παναθηναϊκό ρεκόρ έγινε πριν από δεκαετίες.
Μεγάλος πρωταγωνιστής ήταν ο Βασίλης Μαυροειδής ο οποίος στις 2 Ιουλίου 1950 κατέκτησε την πρώτη θέση στο πανελλήνιο πρωτάθλημα που έγινε στα Τρίκαλα τερματίζοντας σε χρόνο 2.31.9.