Ο Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος συνεχίζει ένα ξεχωριστό αφιέρωμα και παρουσιάζει τη σχέση του με ομάδες που έχουν άρωμα Παναθηναϊκού λόγω χρώματος.
Η Αθήνα 90΄ θεωρείται η πιο πετυχημένη ομάδα στην Ελλάδα στο ποδόσφαιρο σάλας με βάση τους τίτλους που έχει κατακτήσει.
Το σωματείο ιδρύθηκε το 1990 και τα χρώματα που επέλεξε ήταν τα ένδοξα πράσινα του Παναθηναϊκού. Από κει και πέρα υπήρξε μια αποτυχημένη προσπάθεια συνένωσης με τον Παναθηναϊκό όμως δεν καρποφόρησε καθώς η διοίκηση του «τριφυλλιού» δεν δέχτηκε να συνεχίσει με το σενάριο της ένωσης των δύο ομάδων , καθώς ήταν κόντρα στις ιστορικές αρχές της και έτσι έφτιαξε τη δική της ομάδα από τη χαμηλότερη κατηγορία.
Σε επίπεδο προσώπων αρκετοί αθλητές έχουν αγωνιστεί με τα χρώματα του Παναθηναϊκού καιτ ης Αθήνας 90 και ξεχωρίζουν οι περιπτώσεις των Παούρη, Σίμου, Μπελτσίδη κλπ ενώ και ο κόουτς Απόστολος Μπελτσίδης έχει καθίσει στον πάγκο και των δύο ομάδων.
Επιπλέον ο Δημήτρης Ντάρλας που είναι αρχηγός της Αθήνας 90 προέρχεται από τις ποδοσφαιρικές ακαδημίες του «τριφυλλιού».