Έμβλημα του Παναθηναϊκού είναι το τριφύλλι που φέρει συμβολισμούς από την αρχαιότητα και είναι διαδεδομένοι σε πολλούς λαούς ανά τον κόσμο. Συμβολίζει την ισορροπία ανάμεσα στο πνεύμα την ψυχή και το σώμα. Επίσης, συμβολίζει την καλοτυχία, τη γονιμότητα, την αναγέννηση και την αιώνια ζωή.
To τριφύλλι του Π.Α.Ο. σχεδιάστηκε για πρώτη φορά το 1918 από τον Γεώργιο Χατζόπουλο, διευθυντή της Εθνικής Πινακοθήκης και μέλος του συλλόγου και το αργότερο μέχρι το 1919 είχε καθιερωθεί ως έμβλημα του Συλλόγου.
Η προέλευση του τριφυλλιού ως εμβλήματος του συλλόγου δεν είναι απολύτως ξεκάθαρη.
Οι «πράσινοι» παράγοντες φέρεται ότι είχαν δει για πρώτη φορά το ένδοξο έμβλημα από τον ιρλανδοκαναδό Γουίλιαμ Σέρινγκ στη Μεσοολυμπιάδα της Αθήνας το 1906. Είχε τερματίσει πρώτος στο Παναθηναϊκό Στάδιο φορώντας μια λευκή στολή με ένα μεγάλο πράσινο τριφύλλι στο στήθος. Παρών στους αγώνες ήταν ο 16χρονος τότε αθλητής και ποδοσφαιριστής Γιώργος Καλαφάτης.
Εν συνεχεία ένας βασικός παράγοντας υιοθέτησής του «τριφυλλιού» ήταν ο Κωνσταντινουπολίτης, αθλητής Μιχάλης Παπάζογλου. Το τριφύλλι ήταν το έμβλημα που χρησιμοποιούσε όταν αγωνιζόταν στον προηγούμενό του σύλλογο, τη Χαλκηδόνα. Έτσι, όταν το 1911 ήρθε από το Βόσπορο στην Αθήνα και εντάχθηκε στον Παναθηναϊκό, πρότεινε αυτό να γίνει το επίσημο έμβλημα του Π.Α.Ο.
Τρίτος και βασικός λόγος ήταν ότι ο Απόστολος Νικολαΐδης, κατά τις σπουδές του στη Γερμανία, είχε παρακολουθήσει τη γερμανική ομάδα SpVgg Fürth που φορούσε πράσινα και λευκά χρώματα έχοντας έμβλημα το τριφύλλι, και πρότεινε εκείνος το έμβλημα αυτό στον Παναθηναϊκό.
Είναι αρκετά πιθανός και ο συνδυασμός όλων των παραπάνω εκδοχών.
Αξίζει να σημειωθεί ότι τα δύο πρώτα εμβλήματα του Συλλόγου σχετίζονταν με το ποδόσφαιρο ενώ το αργότερο μέχρι το 1919 έχει καθιερωθεί το «τριφύλλι» ως επίσημο σήμα μέχρι και σήμερα.
Ο Σύλλογος φοράει τα «πράσινα» χρώματα από το 1908 και πιο συγκεκριμένα από τους αγώνες που έγιναν στα Τρίκαλα τον Σεπτέμβριο του έτους ίδρυσης.
Η συγκεκριμένη απόδειξη έρχεται από το απόκομμα του τηλεγραφήματος της ΕΟΑ προς τον Δήμο Τρικκαίων τον Αύγουστο του 1908 και αναφέρει τα χρώματα του Συλλόγου.